Miljarden puzzelstukjes tegen corona

6 aug, 2020

Tijdens de JEDI Grand Challenge zochten onderzoeksteams van over de hele wereld naar een digitale match tussen het coronavirus en een stof die de boosdoener moet gaan beteugelen.

De zoektocht naar middelen tegen het coronavirus gaat door. Tijdens de JEDI Grand Challenge gebeurt dat in turbotempo. Fase 1 van de wereldwijde race, die in mei werd gelanceerd door het Joint European Disruptive Initiative (JEDI), zit er inmiddels op. Deelnemende teams screenden miljarden moleculen in de hoop dat enkele daarvan een blokkerende werking hebben op SARS-CoV-2. Dergelijke stoffen remmen bijvoorbeeld een biochemische route die het virus gebruikt voor replicatie, waardoor de ziekteverwekker zich niet meer kan vermeerderen. De wedstrijd moet op deze manier de weg naar een werkzame therapie versnellen. Om deelname aantrekkelijk te maken, vergeeft JEDI prijzen tot € 2 miljoen.

Tijdens fase 1 screenden 130 teams, bestaande uit ruim vijfhonderd wetenschappers en technologen, 54 miljard verbindingen op mogelijke bindingsaffiniteit met het virus. De teams beslaan verschillende onderzoeksvelden, zoals moleculaire biologie, high-performance computing, AI en epidemiologie. Werknemers van het Duitse BIOTEC, het biotechnologiecentrum van de technische universiteit Dresden, en spin-off PharmAI vormden samen een van de teams. Het gebruikte het door BIOTEC ontwikkelde virtuele screeningsprogramma DiscoveryEngine. ‘DiscoveryEngine is snel en precies’, zegt Dr Joachim Haupt, ceo van PharmAI, in een persbericht. ‘In één week tijd hebben we vijf miljoen kleine moleculen gescreend. Traditionele computermethodes zouden per stof een minuut nodig hebben en er tien jaar over doen.’

Er rolden drie potentiële coronaremmers uit het screeningsprogramma. Of een van de gevonden verbindingen een serieuze geneesmiddelkandidaat is, moet blijken uit de volgende fases van de JEDI Grand Challenge. Uit de resultaten van fase 1 creëert JEDI een ‘ultimate list’ van verbindingen met potentie. Deelnemende teams onderzoeken vervolgens welke van die stoffen in theorie het virus daadwerkelijk remmen. Daarna volgt de derde fase waarbij de stoffen in de praktijk worden getest.

Partners van de JEDI Grand Challenge zijn onder meer AXA Research Fund en Merck. Het wetenschappelijke comité bestaat onder meer uit hoogleraar Marion Koopmans, hoofd van de afdeling viruswetenschappen van het Erasmus Medisch Centrum en lid van het COVID-19-adviespanel van de Europese Commissie, en Peter Ratcliffe, director of clinical research bij het Francis Crick Institute in Londen en ontvanger van de 2019 Nobelprijs voor Geneeskunde.